Órgão máximo da Fundação Universidade Federal de Sergipe, tem por finalidade exercer a administração da fundação e superintender as atividades financeiras da UFS.
Conselho Universitário (CONSU)
Órgão máximo de natureza normativa, consultiva e deliberativa da Universidade em matéria administrativa e de política universitária.
Conselho de Ensino, Pesquisa e Extensão (CONEPE)
Órgão normativo, deliberativo e consultivo superior da Universidade em matéria de ensino, pesquisa e extensão.